Respuesta de Patricio Moracho en Filtrar datos de la tabla antes de hacer el Left Join

Algo así:

SELECT  e.Codigo,         e.Nombre,        Leida = case when n.Estado = 'S' then 'S' else 'N' end,         n.OtroCampo    FROM ESTATUSEMPLEADO e     LEFT JOIN NOTIFICACION n          ON e.Codigo = n.Codigo         AND n.UserN = 'admin'    WHERE isnull(n.Estado, 'N') = 'N'

Llevamos el filtro de estado al where y consideramos los eventuales NULL por inexistencia de filas en NOTIFICACION como N